فى طريقه إلى الشام استولى على العريش والضفه الغربيه ونابلس ودخل غزه بسهوله بعد فرار أهلها من كثره ما سمعوه عن وحشيه الفرنسيين وقتلهم الابرياء واغتصابهم للنساء وواصل سيره حتى وصل إلى مدينه يافا وقلاعها الحصينه واسوارها المتينه وكان حاكمها في ذلك الوقت الوالى عبد الله بك وبدأ بونابرت فى حصارها.

نظر بونابرت إلى الأسرى فرأى عددهم كبير فاحتار فى أمرهم ، وفى الحال عقد اجتماعا مع كبار قادته وجنرالاته للتشاور فى أمر الأسرى وماذا يفعل بهم ، ورأى نابليون ان الطعام والزاد لا يكفى لهذا الكم الهائل من الأسرى فى حين أن بالكاد الطعام يكفى لجنوده الفرنسيين فقط فاقترح كبار القاده لبونابرت سجنهم ولكن بونابرت رفض بحجة أن السجون والمعتقلات لا تكفى لهذا الحجم الكبير من الأسرى ، وبعد جلسة طويلة توصل القاده إلى حل يتمثل في إطلاق سراح الأسرى جميعا ، وأن يفى بونابرت بوعده لحاكم يافا ، لكن بونابرت رفض بحجه انه اذا أطلق سراحهم ربما تحالفوا مع وإلي عكا ضده ، وبعد تفكير كثير توصل بونابرت إلى حل اخير الا وهو أعدامهم جميعا وقتلهم وسط دهشه القاده الجنرالات حيث رأى نابليون ان أعدامهم سينشر الفزع والرعب فى أهالى المدن المجاورة وتحديدا حاميه عكا وواليها فيدفعهم للاستسلام دون قتال.

وفى صباح ٧مارس ١٧٩٩م انطلقت جحافل الفرنسيين نحو الأسرى وقاموا باطلاق النيران عليهم فى وحشيه لم يسبق لها مثيل وسألت الدماء انهارا وتفنن الفرنسيين فى القتل والتمثيل بالجثث فهذا جندى يقطع رؤوس الأسرى وعملهم قلاده على صدره وهذا جندى آخر تبول على جثث الأسرى امعانا فى الذل والاهانه لهم وهذا جندى يقطع اذان القتلى بلا رقيب ولاحسيب 

وعندما رأى بونابرت ان الرصاص سينتهى فى اباده هؤلاء الأسرى امر بالكف عن قتلهم بالرصاص وذبحهم بالحراب وبالفعل توقف الفرنسيين عن ضربهم بالرصاص وبداؤو فى ذبحهم بالحراب كالنعاج ..

 واستمرت المجزره ثلاثون دقيقه بالضبط وافترشت الارض بالدماء وبالجثث وهى مقطعه الاوصال .. 

وبعد ذلك أخذ الفرنسيين فى ربط وإلى يافا عبد الله بك بالحبال ودخل الفرنسيين المدينه ومعهم الاسير عبد الله بك وقاموا بااعدامه بالرصاص ورميه فى البحر مع جثث الأسرى .. 

وبذلك وفى بونابرت بعهده مع الحاميه ووعده دون أن يشغل باله بحالهم ولم ترمش له جفن حيال هذه المجزرة الشنيعه وكأن الذى قتلهم صراصير وفئران وليس بشر مثلهم.